サブセルレベルでバイアスのない
空間的プロテオミクス解析装置

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ワークフロー

●STEP 1 | リアルタイム画像解析

フォトラベリングキット（例: Synlight-Rich™ Kit）は、光化学反応を行うために細胞または組織サンプルに最初に加えられます。サンプルがステージにセットされるとMicroscoopｨは1つの視野（FOV）ごとにサンプルの画像(または複数の色の画像）を撮影します。この画像は、MicroscoopｨのソフトウェアであるAutoscoop™によってリアルタイムで解析され、従来の画像
処理またはAIディープラーニングを使用してユーザーが指定する関心領域をセグメント化します。セグメント化の精度を向上させるために、事前または事後の処理が含まれることもあります。

●STEP 2 | パターン化された光学ビオチン標識

フェムト秒光源を制御して、セグメント化された関心領域を1点ずつ照射します。このパターン化された照射により、Synlight-Rich™ Kitの光感受性プローブの反応を介して高い空間精度でターゲットタンパク質の光ビオチン化が引き起こされます。このパターン化されたフォトラベリングは、数千の視野(FOV）にわたって自動的に繰り返され、後続の質量分析を用いたプロテオーム解析に必要な十分な量のタンパク質がビオチン化されるようにします。

●STEP 3 | タンパク質抽出

フォトラベリングされた細胞や組織は、スライドまたはチャンバーからスクレイピングされます。複数のスライドやチャンバーから得られた材料をプールすることで、総タンパク質量を増加させることができます。

●STEP 4 | LC/MS-MSとデータ解析

スクレイピングされたサンプルは、タンパク質抽出キット（例: Synpull™ Kit）の試薬で処理され、細胞膜を破壊して溶解させます。その後、免疫沈降によってタンパク質を濃縮し、プロテオーム解析のためにペプチドへ分解されます。収集されたペプチドは、LC-MS/MS分析できます。フォトラベリングされたサンプルと非標識（CTL）サンプルの両方からプロテオーム情報が得られます。コントロールとフォトラベリングされたプロテオームを比較することで、関心領域に特異的なプロテオームが高感度、高特異性、高空間精度で取得されます。検証は、免疫染色による共局在解析や追加の機能アッセイによって行うことができます。